流域跨界水污染协同治理问题，是当前生态保护和环境治理的重要问题，也是协调区域经济发展和共享区域绿色发展成果的重大问题。

加强顶层设计，制定流域跨界水污染协同防治规划。制定统一的水环境保护综合规划和重点跨界河流上下游联动、水岸联动改善水质专项治理方案，明确区域、流域水污染治理的阶段性目标、水污染防治重点任务等。

强化标准协同，加强应急响应联动和信息共享。加快推进区域内排放标准和污染控制技术规范融合统一，营造标准互认的生态环境；制定实施生态环境信息共享工作方案，建设区域生态环境信息共享网络，为区域规划、决策、执法协调提供支撑。

完善联合执法，构建互督互学协同执法长效机制。进一步明确先期处理制度、联合执法标准与要求、监督约束机制、奖惩制度等，提高跨界水污染执法能力，确保联合执法工作切实可行地落实下去。

推广试点经验，健全流域跨界横向生态补偿机制。朝着补偿内容更加丰富、方式更加多样、评价方法更加科学、责任界定更加明确、对流域保护和治理的支撑保障作用更加明显的方向，探索建立一套有效的长三角区域横向生态补偿机制和污染赔偿机制。

深化科研合作，构建水安全保障科技协同机制。开展长江入海口及上游重要分界断面水质监测和环境评价，共同推动科研资源共享、人才培养、技术成果转化等科技合作，启动长三角跨界重要水体联动治理和预警处置协同研发与示范项目。