正确处理保护与开发的关系。一是强化生态环境保护优先理念。二是合理确定重点湾区开发强度。三是引导湾区集约开发和绿色发展。

健全完善海洋环境保护法律法规体系。一是探索研究出台重点湾区保护条例。二是实施总量控制、红线管控。有序实施自然岸线保有率目标控制、污染物入海总量控制和海洋生态红线等制度，侧重于从总量控制和空间管控方面对资源环境要素实施有效管理。

完善跨区域、多部门环境保护联动机制。一是省级层面健全海洋环境保护联动机制。二是加强重点湾区跨区域海洋生态环境保护协作。

陆海统筹推进污染防治。一是加快沿海地区产业结构调整，从源头上减少污染物入海排放。二是强化直排海污染源整治。三是开展沿海重点水产养殖区域污染防治，逐步减少近岸及港湾传统小网箱数量，同时积极推进浅海贝藻类与鱼贝藻间养的生态养殖模式发展与推广。

加强生态环境修复。一是加强退养还滩、海堤开口、海域清淤等海洋生态修复建设。二是严格控制围填海工程及其规模，明确各港湾、滩涂和浅海的围垦条件与要求，实行可围区、禁围区和限围区分类管理。